利用9对微卫星DNA标记监测研究
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1.实验材料和方法
(1)实验猪:本实验选取了来自中国农业科学院畜牧研究所WZSP保种场的试验猪群,采集F13~F16的耳组织样品,并用液氮保存。
(2)引物序列:本试验利用中国农业大学姜盛花硕士毕业论文中设计的18对微卫星引物中的9对,从上海生工订购,具体信息见表1-13。
2.研究方法
首先使用常规酚氯仿抽提法从耳组织样品中提取DNA,然后经过纯化和扩增等操作进行PCR扩增,扩增产物在2%的聚丙烯酰胺凝胶稳压120V电泳12~16h,最后采用银染方法进行显带。在基因型判断中,带型缺失或模糊的标记为0,进行基因频率的计算。使用软件如GENEPOP、DISPAN和MICROSAT等分析位点平均多态信息含量、有效等位基因数和杂合度等。DNA的提取、分光光度计检测浓度、琼脂糖凝胶电泳检测浓度和纯度、PCR扩增、非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行微卫星分析、硝酸银染色方法、主要实验仪器,以及所需溶液和配制方法等已省略。
3.实验结果
(1)基因组DNA的提取:使用0.8%琼脂糖凝胶电泳检测从猪耳组织中提取的DNA,通过紫外凝胶成像仪观察,结果如图1-12。尽管一些基因组DNA已经降解,但这并不影响微卫星引物的PCR扩增。
(2)微卫星DNA的PCR扩增:针对9个微卫星DNA位点进行PCR扩增,然后使用2%琼脂糖凝胶电泳进行检测。结果如图1-13~图1-21所示: