信息概要
纳米孔测序芽孢全基因组组装是一种基于牛津纳米孔技术（ONT）的高通量测序方法，专注于芽孢形成菌的全基因组解析。该技术通过实时测序长读长数据，能够准确组装复杂基因组结构，包括重复序列和质粒等。检测的重要性在于：1）精准鉴定芽孢菌的毒力基因和耐药性标记；2）追踪环境或工业场景中的污染源；3）为食品安全、临床诊断及生物防治提供分子层面的依据。本服务涵盖从DNA提取到生物信息学分析的全流程，确保数据可靠性和可重复性。
检测项目
基因组完整性评估，contig N50长度，GC含量分析，基因注释完整性，毒力基因筛查，抗生素耐药基因检测，质粒携带分析，CRISPR阵列鉴定，前噬菌体区域识别，次级代谢产物合成基因簇，16S rRNA序列比对，ANI（平均核苷酸一致性）计算，SNP/InDel变异检测，基因组甲基化分析，水平转移基因鉴定，操纵子结构预测，tRNA/rRNA编码数，插入序列（IS）定位，基因组重复序列占比，毒力因子上下游调控元件
检测范围
蜡样芽孢杆菌，枯草芽孢杆菌，炭疽芽孢杆菌，苏云金芽孢杆菌，地衣芽孢杆菌，短小芽孢杆菌，巨大芽孢杆菌，凝结芽孢杆菌，环状芽孢杆菌，侧孢短芽孢杆菌，嗜热脂肪芽孢杆菌，解淀粉芽孢杆菌，甲基营养型芽孢杆菌，海洋芽孢杆菌，肺炎芽孢杆菌，昆虫病原芽孢杆菌，耐盐芽孢杆菌，产蛋白酶芽孢杆菌，产纤维素酶芽孢杆菌，固氮芽孢杆菌
检测方法
纳米孔DNA文库构建（采用SQK-LSK114连接试剂盒）
实时单分子测序（MinION/GridION平台流动槽上样）
FAST5原始信号碱基识别（Guppy基调用软件）
低质量读长过滤（NanoFilt质量值阈值Q7）
基因组组装（Flye或Canu长读长组装器）
组装结果抛光（Medaka共识序列校正）
质粒序列分离（PlasmidSPAdes工具）
基因功能注释（Prokka自动化流程）
耐药基因比对（CARD数据库ABRicate筛查）
毒力因子鉴定（VFDB特异性BLAST分析）
基因组可视化（Circos环状图谱生成）
系统发育树构建（Roary核心基因组比对）
甲基化位点检测（Nanopolish信号差异分析）
移动遗传元件预测（IslandViewer基因组岛定位）
代谢通路重建（KEGG Ontology注释）
检测仪器
Oxford Nanopore MinION Mk1B，GridION X5，PromethION P48，Qubit 4.0荧光计，Covaris g-TUBE，Thermo Fisher离心机，Nanopore Flow Cell（R10.4.1），生物分析仪4200，恒温金属浴，PCR仪，超微量分光光度计，电泳仪，凝胶成像系统，超纯水系统，冷冻离心机
