为了保证手术的顺利进行，术前禁食是必不可少的。不同的手术需要不同的禁食时间。例如，小肠手术需禁食12小时，而大肠手术则需禁食48小时。此外，在禁食期间可以适当给予葡萄糖、电解质溶液来补充能量。为了彻底清理胃肠道，在饮水时可以喂服或灌服导泻剂，但要注意按体重计量。同时也应尽量减少灌肠的使用。术前预防性给予抗生素，可以降低手术风险。
小肠缺血性损伤是造模的一种常见方式。放血和心包填塞是导致小肠缺血性损伤的主要原因。已有实验证明，肾素-血管紧张素-醛固酮系统和缺血性损伤过程密切相关。对于做实验的研究者来说，也可以通过切口入腹，找到肠系膜上动脉，将其夹住或结扎，制造小肠缺血性损伤，并在一定的时间后进行再灌注。
短肠综合征是小肠吸收面积减少的一种病症。手术方法通常有三种：下腹正中切口、乳腺外左侧正中旁切口和肠道旁路手术。不同长度的肠管需要根据实验设计来保留。注意，在手术切除后，尽量保留同样长度的近端小肠，因为相比远端小肠，近端小肠更能耐受移植。此动物模型可用于研究吸收功能、肠道营养效果、激素作用等。
小肠孤立肠袢是制作动物模型的一种常见方法。经锡里瘘或锡-维二氏肠瘘的方式，可以分离一段保留血管和神经的肠段。在做实验时，应对游离肠段使用大量生理盐水冲洗，同时预防性使用抗生素。为了减少腹部及开口部的污染，在造瘘时应特别注意勿使肠内容物污染肌层。
盲肠结扎是导致腹膜炎的重要原因之一。经盲肠的基底部结扎盲肠，但特别注意保持回肠与结肠的通畅性。小型猪出现腹膜炎后有利于观察腹腔感染的病理生理变化过程以及进行各种干预性实验研究。
小肠移植是一种比较复杂的动物模型。供体准备时，需要将全部空肠至回肠肠袢分离切断，两端用肠钳夹住，再分离肠系膜并查找肠系膜上的动脉和静脉；而受体手术时，应将移植物横置于受体的腹腔中，并将移植物肠系膜上的动、静脉吻合于主动脉及下腔静脉上。此外，应注意将移植物妥善放置避免残端的扭转，并在移植物两端造口作锡-维二氏瘘。
