深部真菌感染是一种严重的疾病，可通过呼吸道吸入或皮肤外伤侵入感染。病情会从局部向系统播散，所涉及的微生物与宿主相互作用很复杂。为了抗击这种疾病，需要进行深部真菌感染的系统给药的药效、药代、毒理评估。这种评估更多地依赖于整体动物和动物模型。由于真菌种属、感染方式和宿主反应不同，对动物模型的要求也不相同。
要设计一种动物模型，我们首先需要选择合适的感染菌株。常用的有念珠菌属、隐球菌属、孢子丝菌属、着色真菌属、曲霉属和青霉属等。然后，需要确定感染的菌株来源，并进行体外试验。动物的真菌感染量和给药治疗量也应该在事前测定。
一般来说，深部真菌全身感染模型主要选用小鼠。这种模型是通过腹腔或静脉注射能致95％实验动物死亡的感染菌悬液来制造的。通常，在感染后即刻或6小时内给药，并且给药途径可以有口服、静脉注射或皮下注射。连续观察7天动物的反应，记录动物死亡数。这种模型的疗效以药物对动物的保护率为指示。
有报告指出，组织胞浆菌感染与宿主细胞介导免疫反应密切相关。因此，我们可以用裸小鼠腹腔注射该菌，来模拟以网状内皮组织感染为特征的致死性播散疾病。除了宿主免疫因素与感染的关系之外，我们还需要考虑感染动物与药物的相互关系。例如，由细胞色素P450代谢的唑类药物在小鼠中的代谢活性较高，因此不易达到有效的抗真菌浓度。此时，我们可以选择代谢活性与人类相似的豚鼠进行实验。通常采用注射免疫抑制剂的方法制造豚鼠免疫低下的状态，然后使其感染深部致病的克柔念珠菌，用以评估药效。
以上的模型适用于通常的深部真菌感染研究，而且可以进一步侧重于宿主免疫反应、感染与宿主相互关系以及宿主与药物相互关系。当然，少数深部真菌系统感染模型还有待进一步的研究和完善。
这些动物模型主要用于抗深部真菌药的药效评价和感染免疫研究方面。模型的设计考虑了与临床深部真菌感染的病理机制或药物作用机制，具有很好的预测价值。
