基因修饰IBD动物模型包括基因敲除和转基因模型。由于基因修饰模型技术要求高、喂养及繁殖条件严格，目前国内应用于IBD研究相对较少。但是，随着研究领域的不断扩展，基因修饰模型有望成为IBD研究的重要手段。
TCR是介导T细胞免疫反应的重要受体，参与抗原的识别和递呈。因此，TCR-a基因敲除(TCR-a-/-)小鼠被广泛用于研究肠道T细胞与肠道细菌抗原在IBD发病中的相互作用。
除此之外，黏膜上皮产生的IL-7对于上皮和黏膜内淋巴细胞的增殖及功能调节至关重要。因此，将IL-7基因转入小鼠体内，产生IL-7转基因小鼠，用于研究结肠炎发病机制和药物治疗作用。
造模方法方面，TCR-a-/-小鼠是通过基因打靶方法改变小鼠胚胎干细胞TCR-α基因的第一个外显子而实现的。而将小鼠IL-7cDNA与SRa启动子连接，产生IL-7转基因小鼠，则是通过转基因技术实现的。两种造模方法均得到了基因修饰动物模型。
在模型特点方面，TCR-a -/-小鼠的结肠炎表现为持续性腹泻，病理可见全结肠肥厚、肠黏膜炎性细胞浸润、上皮增生、隐窝脓肿或缺失、杯状细胞减少等；而IL-7转基因小鼠则出现脱肛、便血等症状，肠固有层弥漫性中性粒细胞、T淋巴细胞和单核细胞浸润、杯状细胞减少、隐窝脓肿等。
这两种基因修饰动物模型在研究中具有重要的应用价值。TCR-a -/-小鼠可作为UC模型，主要通过 Th2机制对肠道抗原（包括正常细菌和食物）产生免疫反应，进而提供帮助研究UC的免疫学机制。IL-7转基因小鼠则可用来研究慢性UC的发病机制和药物治疗作用。这些基因修饰动物模型在IBD研究中扮演着重要的角色。
