目前，国内外还没有一个明确的传染病模型的分类标准。但是，我们可以根据病原种类特性以及疾病表现程度来分为以下若干类型。
一、完全疾病表现模型
这种模型是指由人源性病原体在动物中导致疾病。所产生的疾病能全部或基本上拟似人类疾病临床表现、疾病过程、病理生理学变化、免疫学反应等疾病特征。在感染的动物中必须能检测到活性病原（病原体内复制）和诱导的特异性免疫抗体（机体改变），这是病原导致疾病的直接证据，也是模型评判的根本要素。比如，一些寄生虫、细菌病原，宿主特异性不高，或一些人兽共患性病毒性病原可以制备出这种模型。这种模型最能实现疾病在动物上的再现。
二、部分疾病表现模型
这种模型同样是由人源性病原体在动物中导致疾病。所产生的疾病能全部或部分明显拟似人类疾病临床表现、疾病过程、病理生理学变化、免疫学反应等疾病特征，必须能检测到活性病原和诱导的特异性免疫抗体。比如，一些原虫性寄生虫、细菌病原，或一些病毒性病原不能在动物上表现出完全疾病表现，这类模型也较为理想。
三、同类疾病模型或参比疾病模型
这种模型是指人源性病原体不能在动物中直接致病，但本动物或其他种类动物的相同科、属、种的病原，或人-动物重组病原导致的疾病能全部或部分明显拟似人疾病临床表现、疾病过程、病理生理学变化、免疫学反应等疾病特征，必须能检测到活性病原和诱导的特异性免疫抗体。比如，动物源性寄生虫、细菌病原，病毒性病原在动物上表现出完全类似人类疾病的特征。这种模型是较为理想的参比疾病模型。
四、疾病病理模型
这种模型是指人源性病原体在动物中不能导致明显的拟似人类疾病临床表现、疾病过程等疾病特征，但病理学变化非常具有特征性并能在动物体内检测到活性病原和诱导的特异性免疫抗体。比如，一些寄生虫、细菌病原，它们有一定的宿主特异性，或一些病毒性病原常能在动物上出现明显的病理学改变。这种模型常常成为理想的比较医学用疾病模型，如临床病人不可能动态取样了解组织、器官病理改变，而动物模型则能实现实时了解动态变化，为疾病治疗等提供依据。
五、病原免疫模型
这种模型的疾病是导入人源性或其他动物病原体不能在动物中致病，但能引起动物全部或部分明显拟似人类疾病免疫学反应等特征。一般检测不到活性病原，但能检测诱导的特异性免疫抗体。比如，一些宿主性强的寄生虫、细菌病原和病毒性病原，不能通过自然途径或体表途径接种感染而在体内复制，但可通过静脉、肌肉等途径导入机体，机体通过处理免疫原的方式产生抗体或细胞免疫。严格意义上讲这不算具体的疾病模型，但考虑到失活病原体成分也可引起类似疾病和免疫反应，在没有其他合适动物模型的情况下，也是一种选择。
六、基因工程疾病模型
这种模型是将病原体的遗传物质（基因）经人工方法导入动物体基因组中，这些基因的表达可以引起动物性状的可遗传性修饰，同时可能导致动物出现病原致病的某些变化而成为模型。这种模型应该能检测到导入的病原成分和诱导的特异性免疫抗体。这类模型主要针对一些目前还没有较理想动物模型的寄生虫、细菌和病毒病原。
七、复合疾病模型
这种模型是将不同传染病病原感染动物，模拟人多重病原感染疾病的临床表现、疾病过程、病理生理学变化、免疫学反应等疾病特征，综合比较研究病原之间的相互作用。比如疾病后期的复合感染等。
八、群体动物模型
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