念珠菌是一种在人体内共存的正常菌群，在人体局部或全身免疫力降低时才会引起感染。因此，在念珠菌感染研究中，常常需要改变动物的局部体内环境或使其全身免疫抑制，以建立相应的动物模型。常见的念珠菌感染动物模型包括小鼠、大鼠模型以及基因敲除动物。
局部念珠菌感染的研究中，白念珠菌动物模型是最早建立的模型之一。研究者通过给小鼠注射雌激素，使其处于假发情状态，并在动物阴道内接种菌丝及孢子，构建动物模型。在大鼠模型中，为了维持其雌激素化，需将大鼠卵巢切除并注射雌激素。在念珠菌病的研究中，研究者发现，念珠菌抗体在小鼠感染模型的阴道分泌物中呈现有限，抗体在抗念珠菌的天然保护作用有限。但是，一些研究者用白念珠菌胞壁蛋白提取物(Mp)或分泌型天冬氨酸蛋白酶(Sap)作为抗原，经阴道或鼻腔免疫雌激素化白鼠，成功地产生出对念珠菌的保护性抗体，可免患念珠菌性阴道炎。
相对于白念珠菌模型，光滑念珠菌模型因其低致病力，动物模型的建立较为困难。Fidel等研究者利用NOD/lt小鼠成功地建立了光滑念珠菌阴道动物模型，为该病的疾病研究及治疗提供了一个新的研究模型。目前，只有少部分研究者使用动物模型进行了研究。在小鼠模型中，有研究者证实阴道光滑念珠菌感染并不能像白念珠菌抗原一样诱导系统的细胞介导的免疫反应(CMI)。此外，另一些研究者在小鼠模型上发现，光滑念珠菌的小菌落突变虽然可能加重氟康唑抗药性，但这一突变在临床应用上可以忽略。
除了局部感染，念珠菌也可以引起播散性感染。在构建播散性念珠菌感染小鼠模型时，Fidel等研究者在接种前给小鼠连续注射免疫抑制剂，然后静脉接种念珠菌，以造成播散性感染。在使用动物模型研究念珠菌感染的致死因素时，一些研究者通过检测血液化学及动力学参数，发现小鼠随着念珠菌的播散，会出现低血压、酸中毒、低血糖及肾衰等症状，最终死于脓血症。此外，还有研究者使用播散性念珠菌小鼠模型，证实Toll样受体在播散性念珠菌的天然免疫方面发挥着重要作用。最近，一些研究者采用免疫组化及反转录技术，检测播散性念珠菌病小鼠模型中绿色荧光蛋白的表达，并深入分析其分型。
