鼠肺炎沙眼衣原体(MoPn)和H型CT可以通过阴道内接种导致小鼠感染。过去的研究表明，接种MoPn成功诱发小鼠衣原体性输卵管炎及不孕，而接种H型CT则导致小鼠宫颈炎感染。实验结果显示，感染主要局限于小鼠的生殖道，很少蔓延至子宫腔，而阴道感染的易感性与鼠龄相关，年幼组鼠感染较严重。为了增加小鼠的易感性，黄体酮预处理小鼠目前被广泛使用。但是，这种方法可能会改变激素和免疫平衡，从而导致与正常情况下的感染不同的结果。
值得注意的是，阴道内接种是一种不需开腹处理的上行感染途径，但需使用较大的接种量，否则不易引起子宫内膜炎、输卵管炎等后遗症。此外，宫颈感染只有在动情周期的特殊时期才能建立。最近的研究结果显示，年长鼠具有较强的抵抗性，不易感染，而年幼组小鼠易感。在接种过程中，小鼠的生殖力会明显下降，表现为孕鼠数量及每只孕鼠的胚胎数目减少。因此，阴道内接种小鼠可作为研究衣原体感染相关疾病的有效模型。
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