手足口病在亚太地区的不发达国家中流行，而发达国家对此病的研究较少。因此，对手足口病和其病原体的了解也不够，动物模型的研究工作相应滞后。近年来，对动物模型的研究有了显著进展。
EV71并非动物的天然宿主，因此建立动物模型面临一定的困难。临床分离株需要在动物体内进行适应性培养，方能成功地感染小鼠，并引发临床症状。
1.临床分离株在动物体内的适应 临床分离毒株对小鼠肌组织的嗜性高于脑组织，经过小鼠体内扶强后的临床分离株，可以引发神经症状，甚至可以感染1周龄或两周龄的小鼠。深入研究适应株毒性提升的分子机制发现，存在一些关键的氨基酸突变，如VP2蛋白的Lys149→Ile和VP1蛋白的Gly145→Glu，可以提高毒株对小鼠的感染力。
2.小鼠模型 由于EV71主要感染6周岁以下的婴幼儿，该病毒的模型主要使用新生或幼龄的小鼠来建立。使用不同基因型的毒株感染小鼠的模型分别如下：
使用B1亚型保加利亚临床分离株感染新生小鼠可引发瘫痪、肌炎及肌纤维坏死。使用B3亚型的澳大利亚临床分离株感染小鼠后，引发了严重的致死症状，骨骼肌是病毒的主要复制位点，病毒侵染引发严重的坏死性肌
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